نرم افزار R دارای محیطی شبیه نرم افزار S-Plus بوده و برای انجام هر فعالیت در این نرم افزار باید از دستورها و کدهای مناسب، که اغلب شبیه دستورهای مورد استفاده در نرم افزار S-Plus هستند استفاده کـرد. بـا اجـرای نـرم افزار R و باز شدن محیط کاری، ابتدا توضیحاتی در مورد نرم افزار ظاهر شده و پس از آن علامت ” < ” به نمایش در خواهد آمد که نشان دهنده نقطه شروع نوشتن دستورات است. در نرم افزار R همواره دستورات بعد از علامـت ” < ” نوشته می شوند. با فشردن کلید Enter روی صفحه کلید در صورتی که دستور یا کـد نوشـته شـده از نـوع دستورات اجرایی باشد اجرا خواهد شد، و در غیر این صورت دستورات به خط بعدی منتقل خواهنـد شـد. بـرای خروج از نرم افزار از دستور ()q استفاده می کنیم.